ca.cioos da232383-781d-4852-8542-cf0cb8aa5f26 McGill University Montreal Canada https://www.mcgill.ca WWW:LINK https://ror.org/01pxwe438 Rehill, Tessa Nicole rehilltessa@gmail.com https://orcid.org/0009-0008-4830-8561 McGill University Montreal Canada https://www.mcgill.ca WWW:LINK https://ror.org/01pxwe438 Rehill, Tessa Nicole rehilltessa@gmail.com https://orcid.org/0009-0008-4830-8561 McGill University Montreal Canada https://www.mcgill.ca WWW:LINK https://ror.org/01pxwe438 Rehill, Tessa Nicole rehilltessa@gmail.com https://orcid.org/0009-0008-4830-8561 McGill University Montreal Canada https://www.mcgill.ca WWW:LINK https://ror.org/01pxwe438 Rehill, Tessa Nicole rehilltessa@gmail.com https://orcid.org/0009-0008-4830-8561 McGill University Montreal Canada https://www.mcgill.ca WWW:LINK https://ror.org/01pxwe438 Rehill, Tessa Nicole rehilltessa@gmail.com https://orcid.org/0009-0008-4830-8561 Hakai Institute Campbell River Canada data@hakai.org https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Tula Foundation Vancouver Canada https://tula.org WWW:LINK https://ror.org/0029jxk29 CRSNG Ottawa Canada https://www.nserc-crsng.gc.ca WWW:LINK https://ror.org/01h531d29 Department of Fisheries and Oceans Ottawa Canada https://www.dfo-mpo.gc.ca WWW:LINK https://ror.org/02qa1x782 2026-10-05T17:30:59.375Z revision 2026-10-05 publication ISO 19115-1 Geographic information - Metadata First Edition 2014-04-01 ISO 19115-2 Geographic information - Metadata Second Edition 2019-01 ISO 19115-1 Geographic Information - Metadata Amendment 1 2018-02 Canadian Integrated Ocean Observing System Metadata Profile of ISO 19115 2019-11-06 publication Data for Paper: Detection differences between eDNA and mid-water trawls are driven by fish biomass and habitat preferences Données pour article : Les différences de détection entre l'ADNe et les chaluts semi-aquatiques sont déterminées par la biomasse des poissons et les préférences en matière d'habitat 2018-07-30 creation 2024-07-14 publication 1.0 https://doi.org/10.21966/hky6-1022 McGill University Montreal Canada https://www.mcgill.ca WWW:LINK https://ror.org/01pxwe438 Rehill, Tessa Nicole rehilltessa@gmail.com https://orcid.org/0009-0008-4830-8561 McGill University Montreal Canada https://www.mcgill.ca WWW:LINK https://ror.org/01pxwe438 Rehill, Tessa Nicole rehilltessa@gmail.com https://orcid.org/0009-0008-4830-8561 McGill University Montreal Canada https://www.mcgill.ca WWW:LINK https://ror.org/01pxwe438 Rehill, Tessa Nicole rehilltessa@gmail.com https://orcid.org/0009-0008-4830-8561 McGill University Montreal Canada https://www.mcgill.ca WWW:LINK https://ror.org/01pxwe438 Rehill, Tessa Nicole rehilltessa@gmail.com https://orcid.org/0009-0008-4830-8561 McGill University Montreal Canada https://www.mcgill.ca WWW:LINK https://ror.org/01pxwe438 Rehill, Tessa Nicole rehilltessa@gmail.com https://orcid.org/0009-0008-4830-8561 McGill University Montreal Canada https://www.mcgill.ca WWW:LINK https://ror.org/01pxwe438 Millard-Martin, Ben McGill University Montreal Canada https://www.mcgill.ca WWW:LINK https://ror.org/01pxwe438 Millard-Martin, Ben Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Lemay, Matthew https://orcid.org/0000-0001-7051-0020 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Lemay, Matthew https://orcid.org/0000-0001-7051-0020 McGill University Montreal Canada https://www.mcgill.ca WWW:LINK https://ror.org/01pxwe438 Sheridan, Kate McGill University Montreal Canada https://www.mcgill.ca WWW:LINK https://ror.org/01pxwe438 Sheridan, Kate McGill University Montreal Canada https://www.mcgill.ca WWW:LINK https://ror.org/01pxwe438 Mueller, Anya McGill University Montreal Canada https://www.mcgill.ca WWW:LINK https://ror.org/01pxwe438 Mueller, Anya McGill University Montreal Canada https://www.mcgill.ca WWW:LINK https://ror.org/01pxwe438 Mueller, Anya Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Morien, Evan https://orcid.org/0000-0001-9821-7002 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Morien, Evan https://orcid.org/0000-0001-9821-7002 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Clemente-Carvalho, Rute https://orcid.org/0000-0001-6922-9418 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Clemente-Carvalho, Rute https://orcid.org/0000-0001-6922-9418 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Hunt, Brian https://orcid.org/0000-0003-4718-4962 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Hunt, Brian https://orcid.org/0000-0003-4718-4962 McGill University Montreal Canada https://www.mcgill.ca WWW:LINK https://ror.org/01pxwe438 Sunday, Jennifer McGill University Montreal Canada https://www.mcgill.ca WWW:LINK https://ror.org/01pxwe438 Sunday, Jennifer Hakai Institute Campbell River Canada data@hakai.org https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Marine scientific trawl surveys are commonly used to assess the distribution and population size of fisheries-related species, yet the method is effort-intensive and can be environmentally destructive. Sequencing environmental DNA (eDNA) from water samples can reveal the presence of organisms in a community without capturing them; however, we expect the detectability of taxa to differ between eDNA and trawl surveys, and understanding how species traits and population variables contribute to detection differences can help calibrate our expectations from each form of sampling. Here, we coupled eDNA metabarcoding and capture trawl surveys in British Columbia, Canada, to examine species traits that explain recurrent differences in detectability between the two methods, including habitat, body size, and biomass. At the regional scale, 17 of 23 fish species (74%) captured by the trawl were detected by eDNA metabarcoding, and 39 additional species were detected by eDNA sampling only. We found that eDNA metabarcoding disproportionately detected trawl-caught species with greater local biomass (i.e., greater biomass in the adjacent trawl). Fish detected only in eDNA had a greater range of body lengths and a broader range of habitat preferences outside the trawls' target size and sampling areas. Our results suggest that with our level of sampling, eDNA metabarcoding can adequately recapitulate detection of fish communities detected by trawl surveys, but with a bias toward fish of high population biomass and greater inclusion of fish from outside the trawled area. Les relevés scientifiques marins au chalut sont couramment utilisés pour évaluer la distribution et la taille de la population des espèces liées à la pêche, mais cette méthode demande beaucoup d'efforts et peut être destructrice pour l'environnement. Le séquençage de l'ADN environnemental (ADNe) à partir d'échantillons d'eau peut révéler la présence d'organismes dans une communauté sans les capturer ; toutefois, nous nous attendons à ce que la détectabilité des taxons diffère entre les études d'ADNe et celles réalisées au chalut, et comprendre comment les caractéristiques des espèces et les variables démographiques contribuent aux différences de détection peut nous aider à calibrer nos attentes pour chaque forme d'échantillonnage. Ici, nous avons couplé le métabarcodage à barres de l'ADNe et des relevés de capture au chalut en Colombie-Britannique, au Canada, afin d'examiner les caractéristiques des espèces qui expliquent les différences récurrentes de détectabilité entre les deux méthodes, notamment l'habitat, la taille corporelle et la biomasse. À l'échelle régionale, 17 des 23 espèces de poissons (74 %) capturées par le chalut ont été détectées par méta-codage à barres de l'ADNe, et 39 autres espèces ont été détectées uniquement par échantillonnage de l'ADNe. Nous avons constaté que le métabarcodage de l'ADNe détectait de manière disproportionnée les espèces capturées au chalut présentant une plus grande biomasse locale (c'est-à-dire une plus grande biomasse dans le chalut adjacent). Les poissons détectés uniquement dans l'ADNe présentaient une plus grande gamme de longueurs corporelles et une plus grande gamme de préférences en matière d'habitat en dehors de la taille cible des chaluts et des zones d'échantillonnage. Nos résultats suggèrent que, compte tenu de notre niveau d'échantillonnage, le méta-codage à barres de l'ADNe peut récapituler de manière adéquate la détection des communautés de poissons détectées lors des relevés au chalut, mais avec un biais en faveur des poissons dont la biomasse démographique est élevée et une plus grande inclusion de poissons provenant de l'extérieur de la zone chalutée. oceans true -126.6289,50.7424 -127.321,50.6868 -124.8052,48.3262 -123.2452,48.1432 -122.9596,49.0945 -126.6289,50.7424 true f02bf3c4-4ccc-4e9d-a5bc-3a52b705589c ca.cioos 1 {'en': 'Two regions surveyed: Johnstone Strait/Queen Charlotte Strait, and Swiftsure Bank/Juan de Fuca Strait', 'fr': 'Deux régions étudiées\xa0: le détroit de Johnstone/détroit de la Reine-Charlotte et le détroit de Swiftsure Bank/Juan de Fuca', 'translations': {'fr': {'message': "text translated using the Amazon translate service / texte traduit à l'aide du service de traduction Amazon", 'verified': False}}} 0.0 20.0 5829 EPSG 2012-08-10 EPSG::5829 - Instantaneous Water Level height - Height relative to instantaneous water level uncorrected for tide. Not specific to any location or epoch. vertical 2018-07-30T19:00:00.000Z 2018-08-14T19:00:00.000Z asNeeded Generated from https://hakaiinstitute.github.io/hakai-metadata-entry-form#/en/hakai/jnK2pbrIzbMBHpSiUOi8XDUeev93/-P1l_Wv09HnWD1is-Yik Oceans Government of Canada Core Subject Thesaurus 2016-10-13 N/A environmental DNA fish metabarcoding habitat characterization biomass poisson caractérisation des habitats default fishAbundanceAndDistribution Abondance et distribution de poissons eov Genomics project Creative Commons Attribution 4.0 Attribution-NonCommercial-NoDerivs CC-BY-NC-ND-4.0 https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ WWW:LINK Paper: Detection differences between eDNA and mid-water trawls are driven by fish biomass and habitat preferences Article : Les différences de détection entre l'ADNe et les chaluts semi-aquatiques sont déterminées par la biomasse des poissons et les préférences en matière d'habitat DOI https://doi.org/10.1002/edn3.586 Zenodo: Trawl and eDNA methods and code Zenodo : méthodes et code relatifs au chalut et à l'eDNA DOI https://doi.org/10.5281/zenodo.8411637 Hakai Institute Campbell River Canada data@hakai.org https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1037528/ WWW:LINK NCBI BioProject: PRJNA1037528 Bioprojet NCBI : PRJNA1037528 Raw sequence data published to NCBI Données de séquence brutes publiées au NCBI https://onlinelibrary.wiley.com/action/downloadSupplement?doi=10.1002%2Fedn3.586&file=edn3586-sup-0001-DataS1.zip WWW:LINK Direct download of supplemental material to paper Téléchargement direct du matériel supplémentaire sur papier Supplemental materials contain ASV sequence reads, tables, taxonomic assignments and supplementary information to figures. Les documents supplémentaires contiennent des lectures de séquences ASV, des tableaux, des attributions taxonomiques et des informations supplémentaires aux figures. https://github.com/hakaiInstitute/trawl_eDNA_methods WWW:LINK Trawl and eDNA methods and code Méthodes et code relatifs au chalut et à l'eDNA Bioinformatic scripts for processing raw Illumina data Scripts bioinformatiques pour le traitement des données brutes d'Illumina asNeeded