ca.cioos aeb30028-a7eb-462e-ac0f-6c5fe101d4a2 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Novotny, Andreas andreas.novotny@su.se https://orcid.org/0000-0001-8910-6183 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Novotny, Andreas andreas.novotny@su.se https://orcid.org/0000-0001-8910-6183 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Novotny, Andreas andreas.novotny@su.se https://orcid.org/0000-0001-8910-6183 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Novotny, Andreas andreas.novotny@su.se https://orcid.org/0000-0001-8910-6183 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Novotny, Andreas andreas.novotny@su.se https://orcid.org/0000-0001-8910-6183 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Novotny, Andreas andreas.novotny@su.se https://orcid.org/0000-0001-8910-6183 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Novotny, Andreas andreas.novotny@su.se https://orcid.org/0000-0001-8910-6183 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Novotny, Andreas andreas.novotny@su.se https://orcid.org/0000-0001-8910-6183 Hakai Institute Campbell River Canada data@hakai.org https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Tula Foundation Vancouver Canada https://tula.org WWW:LINK https://ror.org/0029jxk29 CRSNG Ottawa Canada https://www.nserc-crsng.gc.ca WWW:LINK https://ror.org/01h531d29 Canada Foundation for Innovation Ottawa Canada https://www.innovation.ca WWW:LINK https://ror.org/000az4664 2026-09-17T21:03:05.251Z revision 2026-09-17 publication ISO 19115-1 Geographic information - Metadata First Edition 2014-04-01 ISO 19115-2 Geographic information - Metadata Second Edition 2019-01 ISO 19115-1 Geographic Information - Metadata Amendment 1 2018-02 Canadian Integrated Ocean Observing System Metadata Profile of ISO 19115 2019-11-06 publication DNA Metabarcoding Captures Temporal and Vertical Dynamics of Mesozooplankton Communities Le métabarcodage de l'ADN capture la dynamique temporelle et verticale des communautés mésozooplanctoniques 2017-01-08 creation 2024-11-30 publication 1.0 https://doi.org/10.21966/6b20-7r76 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Novotny, Andreas andreas.novotny@su.se https://orcid.org/0000-0001-8910-6183 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Novotny, Andreas andreas.novotny@su.se https://orcid.org/0000-0001-8910-6183 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Novotny, Andreas andreas.novotny@su.se https://orcid.org/0000-0001-8910-6183 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Novotny, Andreas andreas.novotny@su.se https://orcid.org/0000-0001-8910-6183 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Novotny, Andreas andreas.novotny@su.se https://orcid.org/0000-0001-8910-6183 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Novotny, Andreas andreas.novotny@su.se https://orcid.org/0000-0001-8910-6183 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Novotny, Andreas andreas.novotny@su.se https://orcid.org/0000-0001-8910-6183 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Novotny, Andreas andreas.novotny@su.se https://orcid.org/0000-0001-8910-6183 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Rodrigues, Caterina University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Rodrigues, Caterina University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Rodrigues, Caterina University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Rodrigues, Caterina University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Jacquemot, Loïc https://orcid.org/0000-0001-7509-840X University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Jacquemot, Loïc https://orcid.org/0000-0001-7509-840X University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Jacquemot, Loïc https://orcid.org/0000-0001-7509-840X University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Jacquemot, Loïc https://orcid.org/0000-0001-7509-840X Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Clemente-Carvalho, Rute https://orcid.org/0000-0001-6922-9418 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Clemente-Carvalho, Rute https://orcid.org/0000-0001-6922-9418 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Piercey, Rebecca https://orcid.org/0000-0001-8563-7155 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Piercey, Rebecca https://orcid.org/0000-0001-8563-7155 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Piercey, Rebecca https://orcid.org/0000-0001-8563-7155 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Morien, Evan https://orcid.org/0000-0001-9821-7002 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Morien, Evan https://orcid.org/0000-0001-9821-7002 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Morien, Evan https://orcid.org/0000-0001-9821-7002 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Morien, Evan https://orcid.org/0000-0001-9821-7002 Department of Fisheries and Oceans Ottawa Canada https://www.dfo-mpo.gc.ca WWW:LINK https://ror.org/02qa1x782 Galbraith, Moira https://orcid.org/0000-0003-1000-653X Department of Fisheries and Oceans Ottawa Canada https://www.dfo-mpo.gc.ca WWW:LINK https://ror.org/02qa1x782 Galbraith, Moira https://orcid.org/0000-0003-1000-653X Department of Fisheries and Oceans Ottawa Canada https://www.dfo-mpo.gc.ca WWW:LINK https://ror.org/02qa1x782 Galbraith, Moira https://orcid.org/0000-0003-1000-653X Department of Fisheries and Oceans Ottawa Canada https://www.dfo-mpo.gc.ca WWW:LINK https://ror.org/02qa1x782 Galbraith, Moira https://orcid.org/0000-0003-1000-653X Department of Fisheries and Oceans Ottawa Canada https://www.dfo-mpo.gc.ca WWW:LINK https://ror.org/02qa1x782 Galbraith, Moira https://orcid.org/0000-0003-1000-653X Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Kellogg, Colleen https://orcid.org/0000-0003-4048-5316 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Kellogg, Colleen https://orcid.org/0000-0003-4048-5316 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Kellogg, Colleen https://orcid.org/0000-0003-4048-5316 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Kellogg, Colleen https://orcid.org/0000-0003-4048-5316 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Kellogg, Colleen https://orcid.org/0000-0003-4048-5316 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Kellogg, Colleen https://orcid.org/0000-0003-4048-5316 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Lemay, Matthew https://orcid.org/0000-0001-7051-0020 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Lemay, Matthew https://orcid.org/0000-0001-7051-0020 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Lemay, Matthew https://orcid.org/0000-0001-7051-0020 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Lemay, Matthew https://orcid.org/0000-0001-7051-0020 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Lemay, Matthew https://orcid.org/0000-0001-7051-0020 Hakai Institute Campbell River Canada https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 Lemay, Matthew https://orcid.org/0000-0001-7051-0020 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Hunt, Brian b.hunt@oceans.ubc.ca https://orcid.org/0000-0003-4718-4962 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Hunt, Brian b.hunt@oceans.ubc.ca https://orcid.org/0000-0003-4718-4962 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Hunt, Brian b.hunt@oceans.ubc.ca https://orcid.org/0000-0003-4718-4962 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Hunt, Brian b.hunt@oceans.ubc.ca https://orcid.org/0000-0003-4718-4962 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Hunt, Brian b.hunt@oceans.ubc.ca https://orcid.org/0000-0003-4718-4962 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Hunt, Brian b.hunt@oceans.ubc.ca https://orcid.org/0000-0003-4718-4962 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Hunt, Brian b.hunt@oceans.ubc.ca https://orcid.org/0000-0003-4718-4962 In this study, we evaluated how well DNA metabarcoding of environmental samples captures changes in marine mesozooplankton community composition to optimize the use of sequencing data for studying seasonal dynamics. Although DNA metabarcoding is increasingly used to monitor the distribution of marine communities, there is a lack of standardized methods, and it remains uncertain to what extent the DNA data reflects patterns of community dynamics observed by other methods. To capture seasonal changes in the mesozooplankton community dynamics, samples were collected from small research vessels every 2 weeks before noon (8 a.m.–12 p.m.) during 2017 from a deep-water temperate coastal station (QU39) in the northern Salish Sea, British Columbia (in the Sutil Channel between Marina Island and Quadra Island, lat: 50.0307, long: −125.0992; bottom depth of 260 m). To evaluate the differences between sampling and analysis methods, three different kinds of samples were collected. Zooplankton net samples were collected according to the standard method for zooplankton monitoring in the Strait of Georgia using a bongo ring net with weighted cod ends (0.5 m diameter, 250 µm mesh size; Aquatic Research Instruments, Hope, BC, Canada). In brief, the net was towed vertically from a stationary position, from ∼10 m above the bottom (in our case ∼230 m depth) to the surface, retrieved at 1 meter per second, and with a calibrated flow meter attached to record the sampled volume. One net was preserved in a 4% formaldehyde seawater solution for microscopic analysis. A second net was preserved in 95% ethanol for DNA metabarcoding. Two-liter water samples were collected weekly with Niskin bottles from near the surface at 5, 30, 100, and 260 m depths. The water was filtered onto separate 0.22 µm polycarbonate Sterivex filters and preserved at −80°C after the addition of a sucrose lysis buffer until further molecular analysis. During this sampling campaign, a total of 24 zooplankton nets were collected for microscopic analysis, 26 zooplankton nets for DNA analysis, and 218 filtered water samples from 43 different dates were collected for DNA analysis To assess if taxa specific trends are sensitive to the selection of genetic marker, we sequenced both short fragment of the COI gene, with primers optimized to capture marine invertebrate community and the 18S gene, with universal primers optimized for marine microbial eukaryotes on an Illumina MiSeq in the Hakai Genome Lab. In doing so, we provide both new insights into the reliability of DNA metabarcoding analysis and guidelines for future studies that aim to use environmental DNA to study marine community dynamics. Further, through analysis of discreet water column DNA samples, we demonstrate the potential of the DNA approach in resolving differences in vertical zooplankton distributions. Dans cette étude, nous avons évalué dans quelle mesure le métabarcodage de l'ADN d'échantillons environnementaux capte les changements dans la composition de la communauté du mésozooplancton marin afin d'optimiser l'utilisation des données de séquençage pour étudier la dynamique saisonnière. Bien que le métabarcodage de l'ADN soit de plus en plus utilisé pour surveiller la distribution des communautés marines, il n'existe pas de méthodes normalisées, et on ne sait toujours pas dans quelle mesure les données ADN reflètent les modèles de dynamique des communautés observés par d'autres méthodes. Afin de saisir les changements saisonniers de la dynamique des communautés du mésozooplancton, des échantillons ont été prélevés sur de petits navires de recherche toutes les deux semaines avant midi (8 h à 12 h) en 2017 dans une station côtière tempérée en eau profonde (QU39) du nord de la mer des Salish, en Colombie-Britannique (dans le canal Sutil entre l'île Marina et l'île Quadra, lat : 50,0307, longueur : −125,0992 ; profondeur du fond de 260 m, Del Bel Belluz et coll. (2021). Pour évaluer les différences entre les méthodes d'échantillonnage et d'analyse, trois types d'échantillons différents ont été collectés (Fig. 1b). Des échantillons de filets contre le zooplancton ont été prélevés conformément à la méthode standard de surveillance du zooplancton dans le détroit de Géorgie (Mackas et al. 2013, Perry et al. 2021) à l'aide d'un filet annulaire à bongo aux extrémités pondérées (0,5 m de diamètre, maillage de 250 µm ; Aquatic Research Instruments, Hope, Colombie-Britannique, Canada). En bref, le filet a été remorqué verticalement depuis une position stationnaire, de 10 m au-dessus du fond (dans notre cas, 230 m de profondeur) jusqu'à la surface, récupéré à 1 mètre par seconde et avec un débitmètre étalonné fixé pour enregistrer le volume échantillonné. Un filet a été conservé dans une solution d'eau de mer à 4 % de formaldéhyde pour une analyse microscopique. Un deuxième filet a été conservé dans de l'éthanol à 95 % pour le métabarcodage de l'ADN. Des échantillons d'eau de deux litres ont été prélevés chaque semaine avec des bouteilles Niskin près de la surface à 5, 30, 100 et 260 m de profondeur. L'eau a été filtrée sur des filtres Sterivex en polycarbonate séparés de 0,22 µm et conservée à -80 °C après l'ajout d'un tampon de lyse au saccharose jusqu'à une analyse moléculaire plus approfondie. Au cours de cette campagne d'échantillonnage, un total de 24 filets à zooplancton ont été collectés à des fins d'analyse microscopique, 26 filets à zooplancton pour l'analyse de l'ADN et 218 échantillons d'eau filtrée provenant de 43 dates différentes ont été collectés à des fins d'analyse ADN Pour évaluer si les tendances spécifiques aux taxons sont sensibles à la sélection d'un marqueur génétique, nous avons séquencé à la fois un court fragment du gène COI, avec des amorces optimisées pour capturer la communauté d'invertébrés marins (Leray et al., 2013) et le gène 18S, avec des amorces universelles optimisées pour les eucaryotes microbiens marins (Balzano et al., 2015) sur un Illumina MiSeq du Hakai Genome Lab. Ce faisant, nous fournissons à la fois de nouvelles informations sur la fiabilité de l'analyse des méta-codes à barres de l'ADN et des lignes directrices pour les futures études visant à utiliser l'ADN environnemental pour étudier la dynamique des communautés marines. De plus, grâce à l'analyse d'échantillons d'ADN discrets de la colonne d'eau, nous démontrons le potentiel de l'approche ADN pour résoudre les différences dans les distributions verticales du zooplancton. oceans true -125.0992 -125.0992 50.0307 50.0307 true ca.cioos 1 {'en': 'QU39 in the northern Salish Sea, British Columbia, Canada', 'fr': 'QU39 dans le nord de la mer des Salish, Colombie-Britannique, Canada', 'translations': {'fr': {'message': "text translated using the Amazon translate service / texte traduit à l'aide du service de traduction Amazon", 'verified': False}}} 0.0 260.0 5829 EPSG 2012-08-10 EPSG::5829 - Instantaneous Water Level height - Height relative to instantaneous water level uncorrected for tide. Not specific to any location or epoch. vertical 2017-01-08T20:00:00.000Z 2017-12-11T20:00:00.000Z asNeeded Generated from https://hakaiinstitute.github.io/hakai-metadata-entry-form#/en/hakai/jnK2pbrIzbMBHpSiUOi8XDUeev93/-OvzbmseH_syBXg1RXKd Oceans Government of Canada Core Subject Thesaurus 2016-10-13 N/A zooplankton DNA metabarcoding seasonal dynamics Salish Sea eDNA Environmental DNA QU39 eDNA metabarcoding Zooplankton Microscopy default zooplanktonBiomassAndDiversity Biomasse et diversité de zooplancton eov Genomics Oceanography project Creative Commons Attribution 4.0 Attribution CC-BY-4.0 https://creativecommons.org/licenses/by/4.0 WWW:LINK Paper: DNA metabarcoding captures temporal and vertical dynamics of mesozooplankton communities Article : Le métabarcodage de l'ADN capture la dynamique temporelle et verticale des communautés du mésozooplancton DOI https://doi.org/10.1093/icesjms/fsaf007 Zenodo Repository Zooplankton Methods Comparison Bioinformatics Code Code bioinformatique de comparaison des méthodes de zooplancton du référentiel Zenodo DOI https://doi.org/10.5281/zenodo.14241795 Zenodo Repository for Zooplankton Methods Comparison Supplementary Information Informations supplémentaires sur la comparaison des méthodes du référentiel Zenodo pour le zooplancton DOI https://doi.org/10.5281/zenodo.14249776 GitHub Repo: DNA Metabarcoding Pipeline for Marine Pelagic Biodiversity Assessment - Bioinformatics Dépôt GitHub : pipeline de métabarcodage de l'ADN pour l'évaluation de la biodiversité marine pélagique - Bioinformatique URL https://github.com/HakaiInstitute/Bioinformatics_COI_18S/releases/tag/v1.0.1 Zooplankton time series from the Strait of Georgia: Results from year-round sampling at deep water locations, 1990–2010 Séries chronologiques sur le zooplancton du détroit de Georgia : résultats d'un échantillonnage effectué tout au long de l'année dans des sites en eau profonde, 1990—2010 DOI https://doi.org/10.1016/j.pocean.2013.05.019 Zooplankton variability in the Strait of Georgia, Canada, and relationships with the marine survivals of Chinook and Coho salmon Variabilité du zooplancton dans le détroit de Georgia, au Canada, et relations avec la survie en mer des saumons quinnat et coho DOI https://doi.org/10.1016/j.pocean.2013.05.019 University of British Columbia Vancouver Canada https://www.ubc.ca/ WWW:LINK https://ror.org/03rmrcq20 Novotny, Andreas andreas.novotny@su.se https://orcid.org/0000-0001-8910-6183 Hakai Institute Campbell River Canada data@hakai.org https://www.hakai.org/ WWW:LINK https://ror.org/02pry0c91 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/PRJNA1141475 WWW:LINK NCBI BioProject: PRJNA1141475 Bioprojet NCBI : PRJNA1141475 Raw sequence data avaialble via NCBI SRA Données de séquence brutes disponibles via NCBI SRA https://zenodo.org/records/14249776/files/andreasnovotny/ZoopMethodsComp-v1.0.zip?download=1 WWW:LINK Zenodo Direct Download of data and code Téléchargement direct des tableaux ASV et de taxonomie et du code utilisé pour analyser les données (Zenodo) Link for the direct download of the ASV and taxonomy tables, and the code used to analyze data, as deposited to Zenodo Lien pour le téléchargement direct des tableaux ASV et de taxonomie, ainsi que du code utilisé pour analyser les données, tels que déposés sur Zenodo asNeeded